发酵与醒发
　　发酵时，面团中的酵母会将糖转化成二氧化碳和酒精。这主要分为两个不同的阶段：一次发酵和后发酵(醒发)，需要花费几个小时来完成。很多现象都是发生在发酵和醒发过程中，后续详细解说。但先了解其中三种主要的现象：①发酵气体的产生;②风味的形成;③面筋的形成和强化。
部分是通过膨胀的气泡推动面筋活动来帮助强化面筋。同时，在搅拌过程中断裂的连接缓慢在膨胀的气泡周围重组，而使面包终得以体积变大并形成一层优质的面包皮。因为过多的搅拌会撕裂面筋链，也会削弱面筋筋力和弹力，过分的发酵和醒发也会如此。过分醒发的面团和过分搅拌的面团是很相似的：软、厚并失去保气能力。
　　有时这种软化主要是因为过多的酶和蛋白酶活动，破坏淀粉和面筋组织，还包括谷胱甘肽的活性和其它还原剂。
　　酶活性
　　淀粉酶是分解淀粉的一种酶。同样地，蛋白酶是能够分解蛋白质和面筋的酶。当面筋被蛋白酶分解成更小块时，会变弱且面团会更柔软、光滑而有弹性。正如还原剂，有时的烘焙坊会加蛋白酶至面团中，以帮助面团更快混合，也更容易拉伸和保持形状。
　　包括白面粉在内的所有面粉本身都含有少量的蛋白酶，但正常条件下，这些酶都不具活性。无意中工匠面包师也发现了一些激活面粉中存在的蛋白酶的方法。
　　经研磨后的面粉和谷物中除含有蛋白酶外，还有淀粉酶和其它的酶。黑麦面粉中所含有的蛋白酶活性比小麦面粉更多，而全麦谷物又比白面粉含量多。因为全麦谷物含有丰富的蛋白颗粒层，而胚芽靠近麸皮层，故其酶活性强。而次级面粉中也含有蛋白颗粒，因而其酶活性要比特级面粉要强。
　　自溶酵母面团，是指缓慢搅拌一段时间后含有一定量的蛋白酶活性的酵母面团。假如在这个阶段，盐得到抵制的话，就更合理了，因为盐会减缓酶活性。
　　酸味酵头中的蛋白酶活性尤为丰富。酸味酵头，正如其名，属酸性ph值较低。另外，它还富含某些细菌(乳酸菌)，而这些菌对激活蛋白酶活性有重要的作用。而蛋白酶富含酵头，尤其是poolish酵头。poolish酵头是由等量的面粉和水组成的，较湿润。连续发酵数小时且无盐的情况下，酶活性便会异常活跃。
　　蛋白酶活性既会削弱面筋，也会使其更有延展性，因此由poolish酵头或自溶酵头制成的面包面团，其延展性会更好，体积更大，也能形成优质的面包壳。酶活性中蛋白质的分解也会释放出对面包风味和曼德拉反应有重要作用的氨基酸。
　　然而，如果不控制好，蛋白酶会削弱面筋使面团容易断裂且不易发酵。如此一来，气体便会从面团中跑掉，面包体积会缩小，在醒发或烤焙的过程中面团容易坍陷。
　　当温度上升时，所有酶的活性都会增强;而当水多又没有盐时，酶活性会更强。有些酶，如小麦蛋白酶，在ph值低呈酸性时，会更加活跃。然而其它酶，如淀粉酶，当ph值接近中性时会更为活跃。通过控制时间、温度、面团化合作用、盐度和ph值，面包师能够控制蛋白酶和其它淀粉酶的活性。这样，他们便可以控制面包的风味、质地、和色泽。

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