1柱退化
同一根柱因键合相的组成发生了变化（化学垃圾或键合相损失），导致峰位置的改变。
2柱-柱间的变化
发了峰位置的改变，首先检查分离条件有无差错（流动相、温度、柱等），一旦确认了分离条件是正确的，可能面临更困难的问题，直至需要重新建立色谱方法。
在初建色谱方法时就能预测到峰的位置。通常要系统地改变条件，使所有的组分的峰在色谱图内处于位置。如反相分离电离组分时，可改变溶剂，也可改变ph值或缓冲液浓度，或加改良剂。改变这些条件时可以注意到峰位置的变化。
在试验的过程中要谨慎行事，只要恢复到可接受的峰位就可。特别在多组分的分离中，如氨基酸的分析，要有合适的分离条件使所有的峰都有确定的位置，稍有不慎，某些组分就会分不开。所幸的是只要做一些条件的变化，就可能找到的位置。